南京城市足球俱乐部前身南京枫帆足球俱乐部成立于2014年，2021年1月15日更名为南京城市足球俱乐部。2019年获得中国足球协会会员协会冠军联赛冠军，晋级到2020年中国足球协会乙级联赛；2020年获得中国足球协会乙级联赛季军，晋级2021年中国足球协会甲级联赛。
2014年12月29日，南京枫帆足球俱乐部在南京市民政局注册成立 。
2017年11月1日，南京枫帆足球俱乐部完成工商注册 。
2018年9月11日，南京枫帆足球俱乐部被中国足球协会认定为“全国社会足球品牌青训机构（2018-2020）”。
2019年，俱乐部获得中国足球协会会员协会冠军联赛冠军 ，晋级到中国足球协会乙级联赛。
2020年，俱乐部获得中国足球协会乙级联赛季军，最终递补中国足球协会甲级联赛 。
2021年1月15日，俱乐部更名为南京城市足球俱乐部
